12 აგვისტოს პრეზიდენტ მორსის ბრძანებით თანამდებობის დატოვება მოუწიათ ეგვიპტის თავდაცვის მინისტრსა და ქვეყნის დე ფაქტო მმართველ ფელდმარშალ მუჰამედ ჰუსაინ ტანტავის და გენერალური შტაბის უფროსს სამი ანანს. მათ სიმბოლურად გადაეცათ ეგვიპტის უმაღლესი ორდენი და პრეზიდენტის მრჩევლის თანამდებობა. მორსიმ აგრეთვე გააუქმა მის არჩევამდე სამხედროების მიერ მიღებული საკონსტიტუციო დეკლარაცია, რომელიც პრეზიდენტის ძალაუფლებას მნიშვნელოვნად ზღუდავდა და შეიარაღებული ძალების უზენაესი საბჭოს (SCAF) საკანონმდებლო უფლებებს ზრდიდა. ამიერიდან, ქვეყნის გარდამავალ პერიოდს ახალი პარლამენტის მოწვევამდე და კონსტიტუციის მიღებამდე მორსი უხელმძღვანელებს. ის ჩაუდგება სათავეში მარშალ ტანტავის ნაცვლად SCAF-ს და მასვე ენიჭება საკონსტიტუციო ასამბლეის დანიშვნის უფლებაც.
„მსუბუქ გადატრიალებას” გარკვეულმა გარემოებებმა შეუწყო ხელი. 5 აგვისტოს 35-მა ექსტრემისტმა ცეცხლი გახსნა ჩრდილოეთ სინაის ნახევარკუნძულზე მდებარე ეგვიპტურ სასაზღვრო პუნქტთან, რასაც 16 ჯარისკაცი ემსხვერპლა. თავდასხმა დილით მოეწყო, როდესაც ეგვიპტელი ჯარისკაცები რამადანის მარხვის დასრულებისთვის ემზადებოდნენ. ცენტრისგან მიტოვებული სინაის ნახევარკუნძულის უდაბნოს ტერიტორია უკანასკნელ ხანებში ჯიჰადისტების თავშესაფარი გახდა, ხოლო იქაური მკვიდრი ბედუინი მოსახლეობა ეგვიპტის მოქალაქედ თავს არც მიიჩნევს.
ისრაელის დაზვერვის ოფიციალური პირების თქმით, მათ წინასწარ იცოდნენ იერიშის შესაძლებლობის შესახებ და ამაზე 
პრეზიდენტმა მორსიმ აგრეთვე კარგად ისარგებლა გენერალიტეტის შიგნით ორი თაობის წარმომადგენლებს შორის არსებული დაპირისპირებით. 76 წლის მარშალ ტანტავის ადგილზე მან დანიშნა 57 წლის გენერალი აბდელ ფატაჰ ალ-სისი, რომელიც, მიმომხილველთა აზრით, მორსის მიმართ უფრო მეტად ერთგული იქნება. პენტაგონი ამ ცვლილებას დადებითად გამოეხმაურა. თავდაცვის მდივნის, ლეონ პანეტას თქმით, ალ-სისის დიდი დრო აქვს გატარებული აშშ-ში და მას ორი ქვეყნის ურთიერთობაში ურყევი ვალდებულება აქვს.
ეგვიპტის სამხედრო ელიტაში ცვლილების შემდეგ დასავლურ მედიაში გავრცელდა გენერალური შტაბის ახალდანიშნული უფროსის, გენერალ სადკი საბჰის ნაშრომი, რომელიც მან 2005 წელს აშშ-ში, პენსილვანიის შტატში სწავლისას დაწერა. 10,000-ზე მეტსიტყვიანი თეზისის დასკვნაში იგი წერს, რომ „აშშ-ის რეგიონული სტრატეგია უნდა იყოს ახლო აღმოსავლეთიდან და სპარსეთის ყურიდან სამხედრო ძალების სამუდამო გაყვანა”. მისი აზრით, რეგიონში აშშ-ის სამხედრო ძალების ყოფნა და ისრაელის მიმართ „ცალმხრივი” მხარდაჭერა ამერიკის მიმართ ზიზღს აღვივებს და ექსტრემისტების სასარგებლოდ მოქმედებს. მეცნიერთა შეფასებით, ნაშრომი უაღრესად მნიშვნელოვანია იმით, რომ ის გადაწყვეტილების მიმღები პირების, ახალი პრეზიდენტის და მოსახლეობის დიდი ნაწილის შეხედულებებს ასახავს.
ქვეყნის შიგნით მედიის თავისუფლების შეზღუდვისთვის მორსი და მისი მთავრობა საერთაშორისო საზოგადოების კრიტიკის ობიექტი გახდა. სახელმწიფომ კერძო საკუთრებაში მყოფი გაზეთის იმ ნომრის კონფისკაცია მოახდინა, რომელიც პირველ გვერდზე, მოწინავე წერილში, მუსლიმური საძმოს მოძლიერების შემთხვევაში ეგვიპტეს „მკვლელობისა და სისხლისღვრის” პერსპექტივას უხატავდა. მანამდე ულტრაკონსერვატორი სატელევიზიო კომენტატორი საძმოს და მორსის წინააღმდეგ ძალადობის მოწოდებით გამოვიდა, რისთვისაც მკვლელობისკენ მოწოდების ბრალდება წაეყენა.
პრეზიდენტი მორსი და მუსლიმური საძმო ცდილობენ, რომ გავლენა შეუმცირონ ქვეყნის სასამართლო სისტემასაც, რომლის პირველი პირები სამხედროების ტრადიციულ მოკავშირეებად ითვლებოდნენ. იუსტიციის ახალი მინისტრის, აჰმედ მეკის თქმით, მუბარაქის ხანის სასამართლოების დასუფთავება რევოლუციის ახალი ეტაპია. საძმოს მიერ სასამართლოს რეფორმირებას მოახლოებული საპარლამენტო არჩევნები და ქვეყნის პირველი პოსტრევოლუციური კონსტიტუციის შედგენა დამატებით მნიშვნელობას ჰმატებს. კრიტიკოსები შიშობენ, რომ ისლამისტები ძალაუფლების უფრო მეტ მონოპოლიზაციას მოახდენენ, ვიდრე თვით მუბარაქის დროს იყო.
კონსტიტუციის მიღებასთან ერთად, მორსის დიდი გამოცდა ქვეყნის ეკონომიკაა. არნახულად დაცემული უცხოური ინვესტიციები და უზარმაზარი სახელმწიფო სექტორი ვითარებას მკვეთრად ამძიმებს. გამოცემა The Economist-ის სიტყვებით, ტურისტები ისეთი იშვიათობა გახდა, რომ ზოგიერთი მეგზური პირამიდებთან აქლემებს ყიდის, მყიდველები კი ძირითადად ყასბები არიან.
