ტაბულასთან საუბრისას, საქართველოს კულტურული მემკვიდრეობის დაცვის ეროვნული სააგენტოს გენერალურმა დირექტორმა ნიკოლოზ ვაჩეიშვილმა განაცხადა, რომ UNESCO-ს წინასწარი დასკვნა განაპირობა არასწორმა ინფორმაციამ, რომელიც ექსპერტებმა ორგანიზაციას ძეგლის საფუძვლიანად შესწავლის გარეშე მიაწოდეს:
„ეს დასკვნა, მე თუ მკითხავთ, არის ძალიან არაკომპეტენტური. მიუხედავად იმისა, რომ ვეცადეთ, მისი შემდგენლისთვის, ICOMOS-ის ექსპერტისთვის, დაგვენახებინა ყველა წახნაგი და ზედაპირული 
დასკვნაში მოტანილი ბევრი რამ იყო სამწუხარო ტყუილი. არ ვიცი, რამ დააბრმავა ის ადამიანი, ის ოთხასი ქვა, რომელიც ჩვენვე ვიპოვეთ ამ წლების განმავლობაში და ჩვენვე მოვუძებნეთ ადგილი, ნამდვილად არ არის მიყრილი და უბრუნდება თავის ძველ ადგილს. გუმბათის სარკმლები, სისქე, თაღნარის რაოდენობა და მოხაზულობა, დოკუმენტირებულია სწორედ ამ ძველი ქვებით. ამიტომ სამწუხაროა, რომ ასეთმა კომპეტენტურმა ორგანიზაციებმა ასეთი არაკომპეტენტური დასკვნები გააკეთეს. თუმცა, ყოფილა შემთხვევები, როცა ICOMOS-ის დასკვნას არ დათანხმებია თავად UNESCO და ეჭვი მაქვს, რომ ეს შემთხვევაც ასეთი იქნება.
ეს ძალიან რთული პროექტია და რაც უფრო ბოლოსკენ მიდის მშენებლობა, ვრწმუნდები, რომ სწორ გზაზე ვიდექით. ეს არის ბალანსი ძველსა და ახალს შორის. გვაქვს თანამედროვე მცირე ჩანართები, რომლებიც აჩვენებს 21-ე საუკუნეს, რითიც თავიდან ავიცილეთ ბუტაფორიულობა და ძველის გამეორება. იქ დაფასებულია ძველიც, თანამედროვეც და ეს ყველაფერი ერთი ტაძრის სხეულშია გაერთიანებული”.
რესტავრაციის თეორიის ფუძემდებლის, ჩეზარე ბრანდის მიხედვით, ნანგრევი, თუ ის კულტურული ფასეულობის მქონე ძეგლის ნაშალია, დამოუკიდებლად წარმოადგენს ხელოვნების ნიმუშს. ნანგრევებში 
ბაგრატის ტაძრის აღდგენის ინიციატორი საქართველოს საპატრიარქოა – მის გამთლიანებაზე საუბარი, პატრიარქის თხოვნით, 90-იან წლებში დაიწყო. 2008 წლის 21 იანვარს, მეორე ვადით არჩეულმა საქართველოს პრეზიდენტმა ინაუგურაციის ადგილად ბაგრატის ტაძარი აირჩია და ფიცის დადების შემდეგ, ერს შემდეგი სიტყვებით მიმართა: „ჩვენ ვამთავრებთ ცერემონიას და ვიწყებთ საქართველოს აღმშენებლობას. როგორც სიმბოლოს ჩვენი აღმშენებლობისა და სიძლიერისა, ვდებთ პირობას, რომ პატრიარქის ლოცვა-კურთხევით და მეურვეობით, ასევე საუკეთესო სპეციალისტების მეშვეობით, უახლოეს კვირებში დაიწყება ბაგრატის ტაძრის აღდგენითი სამუშაოები”.
კათედრალის რეკონსტრუქციის გარშემო ატეხილ კრიტიკას მიხეილ სააკაშვილმა, მიმდინარე წლის 26 მაისს, ქუთაისის პარლამენტის შენობის გახსნაზე შემდეგი სიტყვებით უპასუხა: „ბევრს მიყიჟინებდნენ, რომ ბაგრატის ტაძრის აღდგენა ბარბაროსობა იყო, რომ არავინ აღადგინა საბერძნეთში აკროპოლისი, თუმცა მიმაჩნია – ბაგრატი თავის დროზე იმიტომ აშენდა, რომ ხალხს ელოცა და ახლაც იმიტომ უნდა აღდგეს, რომ იქ თანამედროვე ქართველებმაც ილოცონ.
ამიტომ, ჩვენ აუცილებლად მივიყვანთ ამ შენობას ბოლომდე, ვინც არ უნდა ილაპარაკოს”.
ზემოთ მოტანილი ფაქტორებიდან გამომდინარე, კითხვაზე, ნაგებობის სრული რეკონსტრუქციის გადაწყვეტილების მიღებისთანავე, არსებობდა თუ არა რისკი, რომ პასუხისმგებელ პირებს არჩევანის გაკეთება მოუწევდათ ტაძრის სიმბოლურობასა და ავთენტურობას შორის, ნიკა ვაჩეიშვილმა შემდეგი პასუხი გასცა:
„მინდა დავაზუსტო, რომ სრული ავთენტურობა შენარჩუნებულია. ვინც მივა ბაგრატის ტაძარში და ნახავს, 
საკითხთან დაკავშირებით ტაბულა დაუკავშირდა ბაგრატის ტაძრის იტალიელ რესტავრატორს, არქიტექტორ ანდრეა ბრუნოს, რომელმაც ასევე დაადასტურა, რომ ძეგლის სარეაბილიტაციო გეგმა, რომლის ძირითადი ნაწილის ავტორიც არქიტექტორი ივანე გრემელაშვილი გახლდათ, ინოვაციურია და თანამედროვე სტანდარტებს შეესაბამება:
„ბაგრატის ტაძარი და მთელი ეს არეალი, რომელიც საუკუნეების მანძილზე გამოირჩეოდა გამოკვეთილი სამშენებლო სტრატიგრაფიით, წარმოადგენს ყურადსაღები მნიშვნელობის, მატერიალური და არამატერიალური ღირებულებების სინთეზს. ეს საგანძური აღიარებულია საერთაშორისო ორგანოების მხრიდან და შეტანილია მსოფლიო მემკვიდრეობის ნუსხაში. ნაგებობის დასავლეთ ფრთაზე ამჟამად მიმდინარე ინოვაციური პროექტი საშუალებას იძლევა, რომ აღდგეს ძველი პატრონიკე, რომელიც სამომავლოდ უმასპინძლებს მუზეუმს, მასში გამოფენილი არქეოლოგიური ნივთები და კათედრალის მშენებლობის თვალსაჩინო სურათები კი საშუალებას მისცემს მნახველს, ამ კუთხით გაეცნოს საქართველოს ისტორიას.
ეს პროექტი თავიდანვე იყო წარმოდგენილი, როგორც რესტავრაციის ინოვაციური ჟესტი, რომელიც მიმართული გახლდათ მანამდე არსებული სტრუქტურების ღირებულებების განსაზღვრისკენ და კათედრალის გამოკვეთილი პალიმფსესტის წაკითხვის გამარტივებისკენ. მიმაჩნია, რომ მიმდინარე სამუშაოების დასრულების შედეგად, კათედრალი და მისი სრული არეალი კიდევ უფრო ნათლად წარმოაჩენს მის კულტურულ და მხატვრულ ღირებულებას.
გაერთიანებული საქართველოს პირველი მეფის, ბაგრატ მესამის მიერ აგებული ქუთაისის ღვთისმშობლის მიძინების სახელობის კათედრალი, განვითარებული შუა საუკუნეების ქართული ხუროთმოძღვრების ძეგლია და ჯვარგუმბათოვანი ტაძრის ტიპებს მიეკუთვნება. მისი აღმშენებლობა მეათე საუკუნის ბოლოს დაიწყო და ტაძრის ჩრდილოეთ ფასადზე აღმოჩენილი წარწერის თანახმად, 1003 წელს დასრულდა (ქორონიკონის 223). ნაგებობის რღვევა ოსმალების შემოსევის დროს დაიწყო: 1691 წელს, კათედრალის გუმბათი დენთით აფეთქების შედეგად ჩამოიშალა, ამას მოჰყვა 1770 წელს, გენერალ ტოტლებენის მიერ ქუთაისის ციხის მიმართულებით ქვემეხებიდან ყუმბარების სროლა და ტაძრის ზედა ნაწილის ნგრევა.
მომდევნო საუკუნეების განმავლობაში დაზიანებული ძეგლის აღდგენით-საკონსერვაციო საქმეს, მეოცე საუკუნის 50-იანი წლების დასაწყისში არქიტექტორი ვახტანგ ცინცაძე ჩაუდგა სათავეში. სამუშაოები ექვს ეტაპად დაიყო და 1994 წლებამდე გასტანა. ამავე წელს, UNESCO-ს ექსპერტებმა ბაგრატის ტაძარი, გელათის სამონასტრო კომპლექსთან ერთად, მსოფლიო მემკვიდრეობის საგანძურად ცნეს, როგორც შუა საუკუნეების ქრისტიანული არქიტექტურის ერთ-ერთი ყველაზე გამორჩეული ძეგლი.
მომდევნო წლებში დაწყებულმა სამუშაოებმა კი ტაძრის ავთენტურობა ეჭვქვეშ დააყენა. 2010 წელს ქუთაისის ტაძრების სახელებმა საფრთხის წინაშე მდგომი ძეგლების ნუსხაში გადაინაცვლა. გაერთიანებული ერების განათლების, მეცნიერებისა და კულტურის ორგანიზაციამ არაერთგზის მოუწოდა ქართულ მხარეს სამუშაოების დაუყოვნებლივი შეჩერებისკენ. 2012 წლის 1 ივნისს გამოქვეყნებულმა დასკვნამ კი გაამყარა ექსპერტების ეჭვი, რომ ძეგლი, შესაძლოა, მსოფლიო მემკვიდრეობის ნუსხიდან ამოიღონ. გადადგამს თუ არა UNESCO ამ მეტად მტკივნეულ ნაბიჯს, და რა შემოგვრჩება აღდგენილი ბაგრატის სახით – ავთენტური ტაძარი, თუ მისი ასლი, ეს, სავარაუდოდ, პეტერბურგში, ორგანიზაციის მომდევნო, 24 ივნისს დაგეგმილ სხდომაზე გაირკვევა.
