ტოლერანტობისა და მრავალფეროვნების ინსტიტუტის შეფასებით, რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტოსთან დაკავშირებით პრობლემურია ის, რომ მისი მანდატი გამჭვირვალე არ არის. TDI კვლევაში, რომელიც საქართველოში რელიგიური დისკრიმინაციისა და კონსტიტუციური სეკულარიზმის მთავარ საკითხებს მოიცავს, აღნიშნავს, რომ გაუგებარია სააგენტოს რეკომენდაციების სამართლებრივი და პოლიტიკური მნიშვნელობა.
"განსაკუთრებით მაშინ, როდესაც რეკომენდაციის ადრესატი იქნება არა მთავრობა, რომელიც მისი დამფუძნებელი ორგანოა, არამედ ადგილობრივი თვითმმართველობის ორგანოები ან სხვა ორგანოები; გაუგებარია, აგრეთვე, როგორ შემუშავდება რეკომენდაციები, რამდენად სამართლიანი და ინკლუზიური იქნება პროცედურები დაინტერესებული მხარეების აზრის მოსმენისა და გათვალისწინების თვალსაზრისით, როდის შეასრულებს შუამავლის როლს გაერთიანებებს შორის კონფლიქტისას სააგენტო – როცა მხარეები მიიწვევენ თუ როდესაც თვითონ გადაწყვეტს, ასევე რამდენად სავალდებულო და შემბოჭავი იქნება რელიგიური გაერთიანებებისთვის სააგენტოს მითითებები და მოთხოვნები. ამ დროისთვის, როდესაც სააგენტოს არც ერთი რეკომენდაცია არ არსებობს, არ იქნება მართებული დასკვნის გაკეთება იმის თაობაზე, თუ როგორ გამოიყენებს სააგენტოს თავმჯდომარე ზაზა ვაშაყმაძე მისთვის მინიჭებულ უფლებამოსილებას. თუმცა, თავად ის ფაქტი, რომ ორგანოს მანდატის ფარგლები ბუნდოვანია და არ არის გამჭვირვალე იმ ქვეყანაში, რომელსაც რელიგიური უმცირესობების დევნის ისტორია აქვს, შეშფოთების საფუძველს იძლევა" - ნათქვამია TDI-ის კვლევაში და აღნიშნულია, რომ როგორც 2014 წლის 24 ივნისს სააგენტო წერილში მიუთითებდა, ამ ეტაპზე სტრატეგიულ სამოქმედო გეგმას და ცალკეულ პროექტებს ამზადებენ და ჯერჯერობით, არც ერთი რეკომენდაცია არ გაუცია მის კომპეტენციას მიკუთვნებულ საკითხებზე.
"2014 წლის თებერვალში ჩატარებულ ინტერვიუებში რელიგიური გაერთიანებების წარმომადგენლები მიუთითებდნენ, რომ რელიგიური საკითხებისთვის სააგენტოს შექმნა საბჭოთა კავშირის დროს არსებული რელიგიურ საქმეთა საბჭოს ისტორიულ ასოციაციას იწვევდა. რელიგიურ საქმეთა საბჭო 1965 წელს შეიქმნა რუსეთის მართლმადიდებელი ეკლესიის საკითხთა საბჭოსა და რელიგიური კულტების საკითხთა საბჭოს გაერთიანების გზით: „საბჭოს ჩამოყალიბება განიხილებოდა როგორც სარწმუნოების მიმართ სახელმწიფო პოლიტიკის გადასვლა რელიგიების მდგომარეობისა და რელიგიური ორგანიზაციების საქმიანობის „ზედამხედველობიდან“ მათ „კონტროლზე“. რელიგიის საკითხების ორგანოსთან დაკავშირებული მძიმე ისტორიული გამოცდილების გარდა, ამ ორგანოს მიმართ უნდობლობას იწვევს ისიც, რომ მთავრობას სახალხო დამცველთან არსებულ რელიგიათა საბჭოსთან ან შესაბამის არასამთავრობო ორგანიზაციებთან რაიმე კონსულტაცია არ გაუვლია. აღსანიშნავია, რომ ევროპული კომისია რასიზმისა და შეუწყნარებლობის წინააღმდეგ რეკომენდაციას უწევს სახელმწიფოებს, რათა შექმნან რასიზმისა და შეუწყნარებლობის საკითხებზე სპეციალიზებული ორგანო. თუმცაღა, საქართველოს შესახებ ევროპული კომისიის 2010 წლის მოხსენების თანახმად, კომისია რეკომენდაციას უწევდა მხოლოდ რასიზმთან ბრძოლის სპეციალიზებული ორგანოს შექმნას და ხაზს უსვამდა სახალხო დამცველთან არსებული რელიგიათა საბჭოებისა და ტოლერანტობის ცენტრის მიღწევებს რელიგიური შემწყნარებლობის ხელშეწყობის თვალსაზრისით" - აღნიშნავენ კვლევის ავტორები და მიუთითებენ, რომ მართლმადიდებელ ეკლესიასთან კონსტიტუციური შეთანხმების აღსრულების მიზნით დამატებით არსებობს 2012 წელს შექმნილი სამთავრობო კომისია, რომელიც ჯერ გაუქმებულად არ გამოცხადებულა.
"კონსტიტუციურ შეთანხმებასთან მიმართებით ადგილი აქვს უფლებამოსილებების დუბლირებას სააგენტოსა და კომისიას შორის" - ნათქვამია კვლევაში.
საქართველოს მთავრობამ რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტო 2014 წლის 7 თებერვალს შექმნა. 9 ივნისს კი, სააგენტოს თავმჯდომარემ ზაზა ვაშაყმაძემ საქართველოში აკრედიტებული დიპლომატიური კორპუსისა და სხვადასხვა რელიგიური ორგანიზაციის წარმომადგენლებთან შეხვედრაზე ახლადდაარსებული სააგენტოს საქმიანობისა და მიზნების შესახებ პრეზენტაცია გამართა. დებულების თანახმად, რელიგიის საკითხთა სახელმწიფო სააგენტო წარმოადგენს მთავრობისა და პრემიერმინისტრის საკონსულტაციო ორგანოს რელიგიის სფეროში და მის უფლებამოსილებებს განეკუთვნება: რელიგიის სფეროში არსებული მდგომარეობის გაანალიზება, სამართლებრივი აქტების პროექტებისა და რეკომენდაციების მომზადება, კონსტიტუციური შეთანხმებით განსაზღვრული მიზნების შესრულებისთვის რეკომენდაციების მომზადება, აგრეთვე, საკულტო ნაგებობების მშენებლობასა და რელიგიის სფეროში განათლებასთან დაკავშირებული რეკომენდაციების მომზადება, რელიგიურ გაერთიანებებს შორის კონფლიქტის შემთხვევაში შუამავლის როლის შესრულება, ტოლერანტული გარემოს მხარდაჭერა და ა.შ.
